巢湖市歷史悠久。早在秦時，已于今和縣置歷陽縣。北齊天保六年（555），改歷陽為和洲。隋開皇初，改潛縣為廬江縣。唐武德六年（623），以歷陽縣所屬之舊龍亢縣地置含山縣。唐武德七年（624），改襄安為巢縣。北宋熙寧三年（1070），再析巢縣、廬江地置無為縣。後至清末，各縣之稱謂、境域、隸屬關系雖常更迭，但其建置基本未變。 民國元年（1912），上述5縣均直屬安徽省。民國36年4月到38年1月，上述5縣均屬安徽省第九行政督察專員公署。民國38年1月，成立江淮第五專員公署，轄含山、和縣、江全、巢縣、肥東、巢湖（為原肥東、巢縣兩縣濱湖毗鄰區域）6縣。民國38年6月，成立巢湖專員公署並撤銷皖西專署及江淮五專署建置，轄巢縣、無為縣、廬江縣、肥東縣、肥西縣、含山縣、和縣、三河市、巢湖水上公安局。 解放後，1950年--1965年，全省行政區域調整較大，期間巢湖、宣城兩專員公署合並成立蕪湖專員公署。1965年5月，巢湖專員公署于同年7月25日恢復建置，署治巢縣城關，轄巢縣、無為縣、廬江縣、肥東縣、和縣、含山縣6縣。1971年3月，巢湖專員公署改稱巢湖地區行政公署。1983年7月，肥東縣劃歸合肥市建置。1984年1月，巢縣撤縣改市稱巢湖市（縣級），仍屬巢湖行政公署管轄。1999年7月，巢湖地區撤地設市稱巢湖市（地級），原縣級市改置稱居巢區。
