巢湖市历史悠久。早在秦时，已于今和县置历阳县。北齐天保六年（555），改历阳为和洲。隋开皇初，改潜县为庐江县。唐武德六年（623），以历阳县所属之旧龙亢县地置含山县。唐武德七年（624），改襄安为巢县。北宋熙宁三年（1070），再析巢县、庐江地置无为县。后至清末，各县之称谓、境域、隶属关系虽常更迭，但其建置基本未变。 民国元年（1912），上述5县均直属安徽省。民国36年4月到38年1月，上述5县均属安徽省第九行政督察专员公署。民国38年1月，成立江淮第五专员公署，辖含山、和县、江全、巢县、肥东、巢湖（为原肥东、巢县两县滨湖毗邻区域）6县。民国38年6月，成立巢湖专员公署并撤销皖西专署及江淮五专署建置，辖巢县、无为县、庐江县、肥东县、肥西县、含山县、和县、三河市、巢湖水上公安局。 解放后，1950年--1965年，全省行政区域调整较大，期间巢湖、宣城两专员公署合并成立芜湖专员公署。1965年5月，巢湖专员公署于同年7月25日恢复建置，署治巢县城关，辖巢县、无为县、庐江县、肥东县、和县、含山县6县。1971年3月，巢湖专员公署改称巢湖地区行政公署。1983年7月，肥东县划归合肥市建置。1984年1月，巢县撤县改市称巢湖市（县级），仍属巢湖行政公署管辖。1999年7月，巢湖地区撤地设市称巢湖市（地级），原县级市改置称居巢区。
